čtvrtek 23. ledna 2014

Nová chronologie haplogrup chromozmu Y

Nedávno se objevil článek od Fulvia Crucianiho, který předatoval stáří vetšinou Afrických haplogrup chromozomu Y. Na tomto orázku je vidět strom haplogrup i s daty rozdělení. Většina stáří byla posunuta časově dozadu, což je v souladu se stářím mitochondriálních haplogrup a dalo se to očekávat. Velmi zajímavý je odhad rozdělení haplogrupy I a P na 65 tisíc let. To by znamenalo, že haplogrupa IJ se oddělila od KLT před 65 tisíci lety. Jestliže budeme předpokládat, že mateřská haplogrupa F vznikla v Indii, pak oddělení IJ  možná reprezentuje přesun lidí z Indie na západ - vznik předků evropské populace.

Další zajímavý článek předatoval stáří haplogrupy A00 (neboli stáří společného předka všech mužů, neboli dobu oddělení haplrozdělení A0 a A00). Toto stáří bylo původně stanoveno na 340 tisíc let. Při použití přesnějších datovacích metod bylo stáří sníženo na přibližně 210 tisíc let. Tím by se však mělo snížit i stáří rozdělení haplogroup A0 a A1T (potomků A0), které by pak kleslo z 200 tisíc let na 180. Takové stáří by pak bylo v perfektním souladu se stářím nejmladší společné matky všech lidí - 180 tisíc let.

Zajímavé je, že nejstarší mužské haplogrupy A00 - stáří 210 tisíc let, A0(A1b) - stáří 200 tisíc let a dokonce i A1a (stáří 175 tiscí let) se nacházejí výhradně v západní Africe. Zatímco nejstarší část ženského rodu - haplogrupa L0 strá 180 tisíc let se nachází v jižní Africe. Jak je to možné? Musíme si uvědomit, že 200 tisíc let je velmi dlouhá doba, lidé často migrovali procházeli uzkými hrdly a současné rozložení haplogrup je pouze zlomkem pestrosti, která existovala před 200 tisíci lety. Na druhou stranu je možné, že v budoucnu dojde k další změně chronologie a staré západoafrické haplogrupy chromozmu Y se přiblíží k stáří mitochondriální haplogrupě L1, která se nachází také téměř výhradně v západní Africe.

středa 8. ledna 2014

Jaderná DNA denisovanů, neandrtálců a moderních lidí

Krátce po té, co byla zveřejeněna nejstarší přečtená lidská mitochondriální DNA, se objevil článek, který důkladně analyzuje jadernou DNA neandrtálskou, "denisovskou" a lidskou DNA a vztahy mezi nimi.

Výsledky jsou překvapivé. Z analýzy mitochondriální DNA vyplývá, že moderní lidé a denisované se rozešli před 1 miliónem let. Moderní lidé a neandrtálci se pak rozdělili před 500 tisíci lety.

Analýza jaderné DNA ukazuje však něco úplně jiného: Moderní lidé rozešli s předky denisovanů i neandrtálců před 350 tisíci lety. Neandrtálská jaderná DNA a denisovská se pak rozdělily před 300 tisíci lety.



Na první pohled vůbec nesedí ani časy a ni struktura stromu. Příčina je zřejmá: při jednotlivých migracích docházelo k míšení se staršími populacemi. Zdrojem migrací byla vždy Afrika a populace přicházející do Asie a Evripy se mísily se staršími obyvateli a v různé míře přijímaly jejich jaderný genom. Práce z Berkeley analyzující jadernou DNA stanovuje jakým způsobem a s jakou mírou k míšení docházelo. Vypadá to, že scénář byl asi následující:

Před miliónem let rostla populace předků Homo heidelbergensis v Africe (rozdělila se jejich mitochondriální DNA). Část jich pak Afriku opustila, zřejmě před 700 tisíci lety, kdy se rozdělili na evropskou (předci Homo heidelbergensis) a asijskou část (ta se smísla s erekty žijícím v Asii).

Před 500 lety, když byla meziledová doba, došlo k růstu populace našich předků v Africe, vznikly dvě skupiny mitochondriální DNA. Tyto dvě skupiny lidí se pak definitivně rozešli před 350 tisíci lety, kdy se rozdělila i jaderná DNA moderních lidí od neandrtálců s denisovany. Před 330 tisíci lety vrcholila meziledová doba, a tak není divu, že právě v této době využil Homo sapiens saharskou pumpu a jedna jeho forma (denisované a neandrtálci) opustili Afriku. Není bez zajímavosti, že právě v této době žil také poslední společný předek všech současných mužů, došlo tedy i k růstu populace moderních lidí v Africe.

Homo sapiens, který opustil Afriku se brzy rozdělil na dvě skupiny, jedna se vydala do Evropy a vznikli z ní neandrtálci. Druhá skupina se vydala do Asie, smísila se s předchozí populací, přejala její mitochondriální DNA (ta se od naší oddělila před 1 miliónem let) a do své jaderné DNA získala část (0.5-8%) ještě staršího genomu, který zřejmě pochází od prvních erektů v Asii. Tak vznikli asijští denisované. Ti se, během poslední doby meziledové (Eemian), rozdělili na severní a jižní. Severní denisované pak získali část genomu (více než 0,5%) od neandrtálců žijících v jejich okolí v jižní Sibiři. Právě z tito denisovanů byla analyzována DNA.

Před 70 tisíci lety, po výbuchu Toby, se do celé Euroasie rozešla skupina lidí, která pochází z malé skupinky žijící někde na Blízkém východě. Před tím, než tato skupina osídlila celý neafrický svět, získala přibližně 2% genomu od neandrtálců žijících v okolí Kavkazu. Ti z nich, kteří pokračovali ve své pouti směrem do jihovýchodní Asie, pak přijali ještě několik procent genomu od jižních denisovanů. O těchto "jižích denisovanech" víme pouze díky příměsi v lidské DNA.